Василий Петрович Маргаритов родился 16 января 1854 года в станице Островской Донской области в семье священника. В 1878 году окончил физико-математический факультет Санкт-Петербургского университета, затем защитил диссертацию, получив звание кандидата естественных наук.

В 1880 году получил назначение в Приамурское генерал-губернаторство чиновником особых поручений, выехал на Дальний Восток. В разные годы работал: учителем Владивостокской мужской гимназии, окружным инспектором училищ Приамурского края; с 1897 года избирался почетным мировым судьей Владивостокского окружного суда.

Маргаритов был одним из основателей Общества изучения Амурского края, в период с 1888 по 1895 гг. был председателем Совета Общества. Принимал участие в нескольких археологических экспедициях, возглавлял отряд по исследованию залежей угля в районах Уссурийского и Амурского заливов.

Собрал ценный материал о быте и культуре орочей, который был представлен на Всемирной Парижской выставке.

Авторству В. Маргаритова принадлежит монография "Об орочах Императорской Гавани" - это первое научное описание физиологического типа, материальной и духовной культуры этой народности.

В.П. Маргаритов скончался в Кисловодске, где находился на лечении, 12 октября 1916 года.

Его именем названы: мыс в бухте Аякс Русского острова, одно из сел Ольгинского района Приморского края, река и археологическая культура.